La Asociación se constituyó el 5 de mayo de 1988 en Santillana del Mar por 14 miembros fundadores: Parc Zoológic de Barcelona S.A, Rio Safari Elche, Auto Safari Rue S.A., Safari Madrid, Patronato Valenciano de Ciencias Naturales - Zoo de Valencia, Zoo de Córdoba, Zoo Ibéricos S.A., Zoo de Jerez, Zoo de Santillana del Mar, Parque Safari Costablanca S.A., Loro Parque S.A, Marineland S.A., Zoo de Guadalajara y Zoo de Calahorra.

En sus inicios se constituyó como Asociación Española de Zoos y Acuarios (AEZA). A lo largo de los años fue creciendo de forma gradual y a partir de 1998 el número de asociados empezó a aumentar con más rapidez hasta alcanzar los cuarenta. Parte de este crecimiento hay que atribuirlo a la entrada en el año 2000 de los zoos y acuarios portugueses, hecho que propició el cambio de denominación de la entonces AEZA a la actual AIZA.

Los miembros de AIZA se rigen por los objetivos establecidos por la propia Asociación en cuanto a conservación, educación, consciencia pública, bienestar animal, etc... y siguen las recomendaciones provenientes de la EAZA (European Association of Zoos and Aquaria) y la WAZA (World Association of Zoos and Aquariums) a las cuales pertenece.